Учреждение создано Правительством Москвы на основании постановления Правительства Москвы от 02.02.1993 № 87 «О Московском городском экологическом фонде (Мосэкофонде)», является преемником прав и обязанностей в соответствии с передаточным актом Московского городского экологического фонда (Мосэкофонд) (постановление Правительства Москвы от 10.04.2001 № 330-ПП «О реорганизации Московского экологического фонда»), наименование и тип Учреждения изменены в соответствии с распоряжением Правительства Москвы от 29.11.2011 № 918-РП «Об изменении типа Государственного учреждения города Москвы «Бюро экономического анализа экологических проектов».